如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，粘稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。
这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
巧克力囊肿可在宫腔镜的窥视下看到子宫内膜样组织，由于这种囊肿内潴留的陈旧血瘀如巧克力糊状的颜色，故称它为“巧克力囊肿”。
虽然这种病初起只见有小型囊肿，但拖延日久不去重视治疗，长期在卵巢激素的影响下，发生周期性充血、出血及剥脱等月经样变化，对于生育肯定会有比较大的影响。
如果想做试管婴儿的人应该先把囊肿先做相关处理治疗，保护好卵巢之后才顺利进行试管促排，积极促排也是有机会获得卵子的。
巧克力囊肿的相关症状体征
(1)痛经 主要症状，为继发性且逐年加重，但也有少数病人无明显的痛经。异位的子宫内膜受卵巢激素的作用，与正常子宫内膜有同样的周期性变化，月经后半期，异位的内膜高度增厚充血，子宫内膜异位瘤内压力逐渐增加，行经时经血聚积囊内，使囊壁承受的压力骤然增加而引起疼痛。
(2)性生活疼痛 宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症均可发生性生活疼痛，而且常于月经前较为明显。
(3)不孕 30-70% 子宫内膜异位症患者伴有不孕症。